专利申请被驳回的原因有多种，主要包括以下几点：

申请的主题不是发明：如果所申请的内容不属于发明范畴，例如科学发现、数学方法、疾病的诊断和治疗方法等，这些都不能被视为发明，因此专利申请会被驳回。

申请的主题违反国家法律、社会公德或者妨害公共利益：如果申请的内容违反了国家的法律法规，或者违背了社会公德，甚至对公共利益造成了妨害，那么这样的专利申请也是会被驳回的。

申请的主题属于不授予专利权的技术领域：例如，涉及原子核变换方法以及用原子核变换方法获得的物质等，这些都属于不授予专利权的技术领域，因此相关专利申请会被驳回。

申请的主题不具有新颖性、创造性或实用性：如果申请的内容在申请日之前已经被公开，或者缺乏创造性，不能对现有技术产生实质性的改进，或者没有实用价值，那么专利申请也会被驳回。

申请的说明书没有对发明创造作出清楚、完整的说明：如果申请的说明书不能清楚地描述发明的内容，或者没有提供足够的信息让其他人理解和实施这项发明，那么专利申请也会被驳回。

申请的主题不符合对发明专利申请的单一性要求的规定：如果一项专利申请中包含了多个发明，而这些发明之间缺乏单一性，那么这样的专利申请也会被驳回。

申请文件的修改或者分案的申请超出了原说明书或者权利要求书记载的范围：如果在专利申请过程中，对申请文件进行了修改或者提出了分案申请，而这些修改或分案超出了原说明书或权利要求书的记载范围，那么这样的专利申请也会被驳回。

为了避免专利申请被驳回，建议在申请前仔细阅读相关法规和规定，确保申请文件的质量和完整性。同时，也可以寻求专业的专利代理机构的帮助，以提高专利申请的成功率。